在提及交易工具时，我们也常看到“量化交易”的描述，但其易被误认为“量化的交易”，定义含糊。实际上量化投资也会用到手动交易，为了避免混淆，可使用更为严谨的“程序化交易”。

程序化交易（Automated trading）与“手动交易”相对应，指采用程序自动化决策来执行操作的交易工具，可同时交易成千上万种资产，而手动交易无法做到。

证券及期货等交易品种大致经历了传统交易、电子化交易、程序化交易三个阶段，1965年以前，包括交易所撮合在内的所有交易行为均依靠人力实现。上世纪六十年代的技术创新，特别是通讯技术的发展，推动了包括期货市场在内的资本市场的发展。电报这一新式通讯工具的出现使得期货交易摆脱了地理空间的限制；而电话的发明更加缩短了投资者、会员和交易所的通讯时间。在计算机技术普及后，世界各国的交易所纷纷改弦更张，使用计算机进行撮合成交。

量化投资也未必完全采用程序化交易实现。比如在发展初期也曾借助手动下单——20世纪70年代，量化投资的先驱鼻祖文艺复兴詹姆斯·西蒙斯在进行期货的量化投资时，那时计算机技术发展还不够充分，还是采用打电话给交易员，告知交易标的和数量等信息，实现在交易所平台的下单。即便到现在，国际顶级机构如D. E. Shaw在部分流动性不好的品种上（例如期权交易）还是会通过电话进行咨询和下单。

随着科技发展，程序化交易作为一种交易工具，能够快速捕捉机会和避免人为错误，可降低交易成本、提高交易效率，因此被更多的投资者们所选择。

事实上，不管是主观投资还是量化投资，不管机构投资者还是个人投资者，都可以根据自身情况去评估和使用该工具。在美国，不仅是量化投资机构，几乎90%以上的机构投资者基本都采用“程序化交易”的工具，包括主动管理中的主观投资龙头富达基金（Fidelity）、被动管理中的指数基金龙头先锋集团（Vanguard）等等。

程序化交易除了有利于投资策略的执行、促进机构投资者成为市场主力之外，还提高了市场的定价效率：高效的程序化交易让市场上金融工具价格的偏差在短时间内得到纠正，使其价格更接近其内在价值或其标的的内在价值，有助于稳定市场体系。

同时，程序化交易也增加了市场的流动性——高换手率交易策略程序在运行的过程中，随着交易信号的出现，限价指令不断形成、报送、执行和回报，与极其短暂的持仓相配合，形成流动性需求的同时，也释放了相应数量的流动性供给。流动性的增加使市场价值提高，吸引更多投资者加入市场，形成良性循环。

其中程序化交易的稳定性高度依赖计算机系统，对于计算机程序在交易接口速度、金融学和数学理论、计算机科学实践等方面都有很高要求。

中国证券监管相关部门在2015年就提出加强程序化交易监管的基本思路，针对程序化交易可能引发的风险，建立了部分监管规则和执法措施，以促进程序化交易有序发展。2019年颁布的《证券法》中规定，程序化交易须向证券交易所报告；2023年发布的沪深主板交易规则中增加了程序化交易报告制度的相关规定，明确程序化交易应当符合相关规定，并履行报告义务。2023年9月1日，证监会指导沪深北交易所制定发布《关于股票程序化交易报告工作有关事项的通知》《关于加强程序化交易管理有关事项的通知》进一步完善程序化交易报告与管理制度，维护证券市场稳定健康发展。